Ельцин Центр сотрудничает с одним из крупнейших российских высших учебных заведений — Уральским федеральным университетом им. Б.Н. Ельцина (УрФУ) (в 1955 году Б.Н. Ельцин закончил Уральский политехнический институт, на базе которого создан УрФУ).

Основные направления сотрудничества:

— поддержка наиболее перспективных студентов и аспирантов;

— участие в развитии материально-технической и лабораторной базы;

— развитие информационных технологий.

В 2002 году была учреждена стипендия Б.Н. Ельцина лучшим студентам УрФУ. Она вручается ежегодно с 2003 года. Стипендиатами изначально становились 50 лучших студентов очного отделения УГТУ-УПИ, прошедших конкурс, при условии, что они не получали иной стипендии. В 2014 году сертификаты на стипендии получили уже 90 человек. Выплата стипендий производится дважды в год. Наряду с отличной учебой стипендиаты должны демонстрировать результаты научно-практической работы, активно участвовать в общественной жизни. Вручают сертификаты супруга первого президента России Наина Иосифовна Ельцина, сама выпускница этого учебного заведения, и ректор университета.

Киргизско-Российский Славянский университет имени Ельцина (Бишкек). С сентября 2004 года университет носит имя первого президента России. С 2004/2005 года лучшие студенты получают стипендии имени Ельцина. Первоначально вручалось 25 стипендий, с 2012 года стипендии вручаются 50 студентам.